ProtTech 開發(fā)了專有軟件能自動檢索多種PTMs，基于這個技術(shù)平臺，我們提供全面的PTM分析服務。
1：能夠檢索30多種已知的PTMs，也可以根據(jù)客戶需要來分析其他分子量變化小于400D 的修飾。
2：可以根據(jù)修飾和未修飾肽段的EIC數(shù)據(jù)進行蛋白修飾定量分析。
3：通過多種酶酶解，能夠得到100%的蛋白氨基酸序列，檢測低至0.1%PTMs 。
樣品要求：
1：蛋白純度80%以上，蛋白量10ug 以上。
2：接受溶液樣品，考染或者熒光染色膠帶樣品，跑膠前需要做Reduction/Alkylation處理。
3：根據(jù)蛋白序列選擇合適的酶，客戶需提供蛋白理論序列。
流程：
1：酶解
1）每個蛋白一般需要兩個酶解反應，trypsin 是首選，基本可以得到60-80%的序列。
2）根據(jù)尚未覆蓋的序列和酶的活性來選擇第二種酶，例如： Glu-C 在溶液中比膠帶中活性高。
很多情況下，chymotrypsin是比較好的選擇，但由于它的非特異性，數(shù)據(jù)分析比較復雜。
2：NanoLC-MS/MS，
酶解后的肽段經(jīng)過NanoLC-MS/MS檢測，該系統(tǒng)能靈敏檢測低豐度的蛋白，得到較高的肽段覆蓋率。
3：生物信息學分析
每一個ms/ms數(shù)據(jù)，軟件能夠檢索所有可能的PTMs，包括磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化等。由于質(zhì)譜儀的測量范圍，我們檢測的PTMs分子量小于400D。軟件算法也應用于去除假陽性結(jié)果。
4：驗證
對每一個檢測出來的PTM進行人工驗證和質(zhì)譜核對。
5：定量
我們通過修飾和未修飾的肽段的EIC來計算PTM的比率。如果某個PTM會顯著改變肽段的離子化程度，我們會對其使用校正因子。
6：報告
我們會在報告中提供修飾位點，結(jié)構(gòu)和修飾比率。