Gene Ontology可分為分子功能（Molecular Function），生物過程（biological process）和細胞組成（cellular component）三個部分。蛋白質(zhì)或者基因可以通過ID對應(yīng)或者序列注釋的方法找到與之對應(yīng)的GO號，而GO號可對于到Term，即功能類別或者細胞定位。

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功能分類

GO功能分類是在某一功能層次上統(tǒng)計蛋白或者基因的數(shù)目或組成，往往是在GO的第二層次。此外也有研究都挑選一些Term，而后統(tǒng)計直接對應(yīng)到該Term的基因或蛋白數(shù)。結(jié)果一般以柱狀圖或者餅圖表示.

功能富集分析

功能富集需要有一個參考數(shù)據(jù)集，通過該項分析可以找出在統(tǒng)計上顯著富集的.該功能或者定位有可能與研究的目前有關(guān)。